Dzwonnic kościoła franciszkanów została zbudowana w XV wraz z unikatowym gotyckim zespołem budowlanym kościoła Najświętszej Maryi Panny. Była to część zabudowań kościoła Najświętszej Maryi Panny (franciszkańskiej) i klasztoru franciszkanów. Ten czteropiętrowy budynek (oparty na układzie pilastrów) miał wielką wartość pod względem architektury i urbanistyki znajdował się na skrzyżowaniu obecnych ulic Trockiej i Franciszkańskiej. Swoimi wymiarami dzwonnica zdominowała otaczające ją, początkowo jednokondygnacyjne, a później głównie dwukondygnacyjne budynki.
Bogata fasada z czerwonej cegły charakteryzowała się bogatym wystrojem i kompozycją. W płaskiej ścianie parteru znajdowało się przejście z cylindrycznym sklepieniem. Drugie piętro ozdobiono oknem z ostrym łukiem i ramą przypominającą gotycki krzyżujący się łuk. Nad oknem znajdował się ornament, podkreślony białym tynkiem. Ściany trzeciej kondygnacji ozdobione były trzema stylizowanymi gwiazdami w kołach. Nad nimi dominuła fasada – niska półokrągła wnęka z dwoma asymetrycznymi łukowymi otworami.
Kościół Najświętszej Marii Panny i klasztor franciszkański powstały w 1386 r. – 1387 r., ich budowa została ukończona w XV wieku. Wybrano lokalizację kompleksu budynków na piaszczystych wyżynach na wschodnim skraju bagna Väärai. Dzwonnica zbudowana była w tym samym czasie, co wschodni korpus klasztorny. Przylegała do zakonnego domu franciszkańskiego, który stał obok obecnej ulicy Trockiej. Budowniczowie dzwonnicy wymyślili oryginalne rozwiązanie, instalując sklepioną bramę na pierwszym piętrze.
W 1863 roku Administracja carska rozpoczęła agresywną kampanię rusyfikacyjną. 1864 rozkazem Kanclerza Wileńskiego Generalnego Gubernatora M. Muravjova nakazano zamknąć Kościół Najświętszej Maryi Panny i klasztor franciszkanów. W latach 1872-1876 kościół został przekształcony w repozytorium archiwów instytucji państwowych. Dzwonnica w 1873 roku została zburzona. Badania archeologiczne wykazały, że nie tylko jej ściany zostały rozebrane, ale także fundamenty.
